当前位置：网站首页 » 新闻 » 内容详情

tcga收录癌症种类下载_突变型和野生型的癌症(2024年11月最新版)

内容来源：凤巢SEO所属栏目：新闻更新日期：2024-11-28

tcga收录癌症种类

𐟓š生信宝典：TCGA数据下载攻略𐟌Ÿ 𐟔想要探索癌症患者的测序数据吗？TCGA数据库等你来发掘！这个专门收录癌症相关信息的数据库，提供了丰富的测序数据，包括RNA、MicroRNA、DNA等各类序列信息，还有基因组、转录组、蛋白组、表观组等全方位的组学数据哦！𐟧슊𐟒𛩂㤹ˆ，如何从TCGA数据库下载你感兴趣的数据呢？别担心，跟着以下步骤，轻松搞定！ 1️⃣ 首先，登录TCGA数据库网站：。 2️⃣ 接着，点击“Explore our cancer datasets”开始探索你的数据。 3️⃣ 然后，点击“Projects”来选择你感兴趣的项目。 4️⃣ 在这里，你可以选择肿瘤类型和数据类型，并保存你的搜索结果。 5️⃣ 接下来，点击“Repository”进入数据存储区域。 6️⃣ 选择你之前保存的搜索结果和数据类型，然后点击“add all files cart”，再点击右上角的“Cart”按钮，就可以进入下载页面啦！ 7️⃣ 最后，点击“Download cart”中的文件和“Download associated data”中的元数据，就可以开始下载你的宝贝数据啦！𐟎‰ 𐟒ᥰ贴士：记得在下载过程中保持网络通畅哦，确保数据能够顺利下载到你的电脑中。现在，你已经掌握了从TCGA数据库下载数据的全部流程，赶快行动起来吧！𐟚€

生信分析必备：十大数据库推荐 𐟔在生物信息学分析中，数据的质量和丰富度至关重要。今天，我想和大家分享一些在生信分析中常用的数据库，它们就像是你的得力助手，帮助你更好地理解和解析生物数据。 NCBI NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个宝藏库，包括了GenBank核酸序列数据库和PubMed文献数据库等众多资源。无论你是要查找特定的基因序列，还是想要了解某个基因的功能，NCBI都是你的不二之选。 UniProt UniProt数据库提供了大量的蛋白质序列和功能信息。如果你正在研究某个特定蛋白质的结构域或者修饰位点，UniProt绝对是你的好帮手。 Ensembl Ensembl整合了基因组、转录组和蛋白质组等多组学数据，让你能够轻松获取基因的注释和变异信息。无论是基因表达分析还是基因突变研究，Ensembl都是你的得力助手。 TCGA TCGA（The Cancer Genome Atlas）存储了大量的癌症相关基因组和转录组数据。对于癌症研究者来说，TCGA是一个不可多得的数据宝库。 GEO GEO（Gene Expression Omnibus）包含了各种基因表达数据。无论你是研究特定疾病状态下的基因表达变化，还是想要了解某个基因在不同条件下的表达模式，GEO都能满足你的需求。 KEGG KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）提供了代谢通路和信号通路等信息。通过KEGG，你可以清晰地了解基因在通路中的作用，这对于理解生物过程非常重要。 STRING STRING（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes/Proteins）用于预测蛋白质之间的相互作用。如果你正在研究蛋白质互作，STRING可以为你提供方向。 dbSNP dbSNP（Database of Single Nucleotide Polymorphisms）收集了单核苷酸多态性（SNP）的数据。SNP是基因组变异的重要形式，dbSNP为你提供了丰富的SNP数据资源。 MINT MINT（Molecular INTeraction database）专注于蛋白质互作数据。它的数据精准且专业，是研究蛋白质互作的重要工具。 Reactome Reactome涵盖了生物过程和分子相互作用的通路信息。无论你是想了解某个特定通路的细节，还是想要探索新的生物过程，Reactome都是你的好帮手。 𐟌Ÿ这些数据库为我们的生信分析提供了强大的数据支持，记得收藏起来，以备不时之需！如果你对复杂的生信数据感到头疼，或者担心数据分析会耗费你宝贵的研究时间，不妨告诉我你的研究方向，我会尽力帮你少走弯路。毕竟，科研时间对于我们来说才是最关键的！

2024年热门数据库大盘点：科研必备资源 𐟌 GBD数据库：这是一个全球性的健康数据资源，由健康指标与评估研究所（IHME）维护，旨在量化不同地区和时间点的健康损失。GBD数据库被全球众多研究人员和政策制定者广泛使用。 𐟏堍IMIC数据库：这是一个大型的、公开可用的数据库，专门用于重症监护医学。它包含了来自贝斯以色列女执事医疗中心的重症监护室患者的详细信息，包括实验室测量结果、处方药物、影像报告、程序代码等。MIMIC数据库对于研究人员来说是一个宝贵的资源，可以用于进行临床研究、开发医疗算法和改进患者护理。 𐟍 NHANES数据库：这是美国人群营养横断面调查的数据库，包含用于评估美国成人及儿童健康与营养状况的调查研究，内容不仅限于营养学，还涉及头痛、偏头痛、动脉粥样硬化等疾病。 𐟔젔CGA数据库：美国癌症基因组图谱，由美国国家癌症研究所（NCI）和国家人类基因组研究所（NHGRI）合作开发，包含33种癌症的数据，每种癌症都涉及关键基因组变化的全面、多维的图谱。 𐟒Š faers数据库：这是一个由美国食品药品监督管理局（FDA）维护的数据库，主要用于收集和评估上市药品和治疗性生物制品的不良事件报告。这个数据库支持FDA的上市后安全监测计划，是药品安全监测的重要工具。 𐟓Š SEER数据库：这是美国癌症统计的权威来源，由美国国家癌症研究所（NCI）赞助。SEER数据库收集了美国某些地区的癌症患者的数据，包括诊断、治疗和生存信息。它对于癌症研究人员和公共卫生专家来说是一个重要的资源，用于监测癌症趋势、评估治疗效果和制定公共卫生政策。 𐟌🠃HARLS数据库：这是一个针对中国45岁及以上成年人的全国代表性调查，旨在收集有关健康、退休和老年福祉的数据。CHARLS数据库涵盖了广泛的健康相关主题，包括慢性病、健康行为、医疗服务使用和医疗费用。 𐟌 KNHANES数据库：这是韩国的健康与营养调查数据库，类似于美国的NHANES和中国的CHNS，用于反映韩国人群的健康和营养状况。 𐟓‘ OMIM数据库：人类孟德尔遗传数据库，常用于遗传病研究。

TCGA数据揭秘，从零到热图！想要深入了解肿瘤和正常组织在基因层面的差异吗？𐟔𐟧젔CGA（The Cancer Genome Atlas）是全球最大的癌症基因组数据库，涵盖了多种癌症的基因表达和突变数据。今天，我们将带你从零开始，探索如何下载和使用TCGA数据，进行差异基因分析！𐟒𛊊𐟓Œ 步骤概览： TCGA数据库简介：TCGA是全球最大、最权威的癌症基因组数据库，涵盖了多种癌症的基因表达、突变等数据。数据下载：你可以使用R包TCGAbiolinks或直接访问GDC（Genomic Data Commons）门户，下载特定癌症类型的RNA-seq表达矩阵。差异分析：使用DESeq2、edgeR、limma等R包对正常组织和肿瘤组织的基因表达进行差异分析。筛选出上调和下调的差异基因，并输出热图、PCA图和火山图。 𐟓Š 应用方向：癌症标志物的发现：通过差异表达基因，找到潜在的癌症标志物，用于临床诊断和治疗。药物靶点的开发：差异表达基因也可以帮助我们发现新药物的潜在靶点，加速药物研发进程。 𐟑颀𐟔젩€‚合人群：生物信息学初学者医学研究者对癌症基因组感兴趣的科研人员赶快动手吧！𐟒ꠦŽ⧴┃GA数据的奥秘，开启你的癌症基因组研究之旅！

𐟒᥌𛥭椺𚧔Ÿ信分析新手攻略！ 𐟔 你是否对医学人生信分析感到迷茫？别担心，这里有一份入门攻略帮助你快速上手！ 1️⃣ 确定研究领域 𐟌𑊩斥…ˆ，要明确你的研究领域是肿瘤还是非肿瘤疾病。这样你才能知道该去哪里查找相关的数据。例如，TCGA数据库主要包含常见癌种数据，而GEO数据库则涵盖肿瘤及非肿瘤疾病。 2️⃣ 明确科研目标 𐟎𝠧š„科研目标是什么？是发表1分以上的期刊，还是3分以上的高分期刊？不同的目标需要不同的生信分析深度和思路。 3️⃣ 构建分析框架 𐟓˜ 在开始分析之前，你需要对生信分析有一个大致的框架理解。通过阅读前人文献，深入理解数据分析的设计思路和逻辑呈现，这样你在分析过程中就能更加得心应手。 4️⃣ 提升统计分析能力 𐟓Š 具备统计分析能力对于生信分析至关重要。你需要能够敏锐地洞察每个分析结果，正确解读并捕捉细微的变化，以便进行深层次剖析。 5️⃣ 借助专业指导 𐟑颀𐟏능悦žœ你想快速掌握生信分析并发表高分SCI论文，不妨寻求专业老师的指导。他们可以根据你的需求定制化教学，帮助你更加透彻地理解生信分析。 𐟚€ 现在就踏上你的生信分析之旅吧！借助这份攻略，相信你一定能够取得优异的成果！

𐟧짔Ÿ信小白自学攻略𐟌Ÿ 𐟔探索生信分析的奇妙世界，从零开始也能成为大神！𐟒ꊊ𐟓š首先，从GEO非肿瘤数据开始，练习R语言的常规分析技巧，如差异分析、功能富集分析等。 𐟒‰接着，深入TCGA肿瘤数据，复现预后模型，掌握文章思路，构建、验证模型准确性。 𐟧쥍•细胞测序是下一站的目的地，熟练掌握10x读取、质控等步骤，探索高变基因和降维技术。 𐟌泛癌分析将带你领略大型数据的魅力，学习如何循环读取与处理。 𐟎殺试编写自己的R包，学习function的调用和封装。 𐟐最后，掌握Python与Linux，构建生信数据库，你的自学之旅将告一段落。 𐟒–兴趣是最好的老师，一旦你热爱生信，将沉浸在这股心流中，享受探索的乐趣。不要放弃，坚持就是胜利！𐟏† 𐟔姎𐥜襰𑥼€始你的生信自学之旅吧！期待你在组会中大放异彩！✨

医学小白必看：生信分析入门指南嘿，医学界的小伙伴们！有没有想学生信分析却觉得太复杂而不敢尝试的？别担心，今天我就带你轻松入门！刚开始学习生信分析时，先了解一下这六个基础分析步骤：数据下载及预处理筛选疾病相关的差异表达分子基因注释与功能分类从差异表达分子中筛选关键基因分析关键基因与临床特征/预后的关联结合实例来学习的话，推荐一篇文章——《基于生物信息学分析筛选卵巢癌预后相关的核心基因》。这篇文章于2022年发表在《临床与实验病理学杂志》上，整篇文章包括筛选差异分子、进行功能注释、构建互作网络以及预测临床意义并验证。通过解读这类生信类文献，你可以梳理出生信分析文章的大致思路：借助数据库筛选出关键分子，最后通过少量实验验证得出结论。这是简单的生信入门方式，而更复杂的分析及算法可能需要根据实际情况编写代码。下面推荐一些生信分析的在线工具：常用的基因表达数据库：GEO、TCGA 常见的TCGA数据挖掘可视化网站：cBioPortal、GEPIA、UALCAN 差异表达分析工具：GEO2R 功能富集分析工具：GSEA、DAVID、KEGG 网络图构建工具：STRING、cytoscape 希望这些资源能帮到你，轻松入门生信分析！𐟒ꀀ

分子对接与动力学模拟：从基础到高级技巧 𐟎“ 在读博期间，我专注于网络药理学和分子对接的研究。以下是我目前正在进行的一些项目和技能：获取交集靶点并绘制韦恩图 𐟓Š 构建药物-成分-靶点网络、PPI网络和拓扑数据分析 𐟌 进行GO/KEGG富集分析 𐟓ˆ 差异表达和ROC分析 𐟓Š WGCNA分析和免疫浸润分析 𐟌🊌ASSO回归分析和随机森林(RF)分析 𐟌𓊦𓛧™Œ分析和TCGA突变瀑布图 𐟌Š 分子对接 𐟔— Schrodinger分子对接、动力学模拟和虚拟筛选 𐟌€ 支持普通对接、共价对接和诱导契合对接，满足特定条件，如小分子与氨基酸残基形成氢键等 𐟔슥Š襊›学模拟 𐟌 Desmond动力学模拟，使用服务器快速出结果，适用于膜蛋白、普通蛋白及其与小分子复合物的动力学模拟 𐟒芊这些项目和技术都是我目前在研究的，中介请勿打扰。

专栏内容推荐

1000 x 791 · jpeg
TCGA癌症临床数据资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！-MedSci.cn
素材来自:medsci.cn
921 x 421 · jpeg
TCGA-癌症驱动基因和突变的综合特征 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

595 x 904 · jpeg
利用TCGA癌症基因进行差异分析_perl语言怎么矩阵化tcga数据?-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
2880 x 1800 · jpeg
基于TCGA+GEO数据库的癌症关键基因鉴定与验证（五）生存与hub基因表达模式分析 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

600 x 423 · jpeg
UCSC xena中下载TCGA中癌症样本的生存数据 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
707 x 708 · png
TCGA数据库肿瘤免疫全景图-生信自学网
Data Analysis
TMB Chart
Data Set

600 x 357 · jpeg
pan-cancer泛癌单基因文章套路(TCGA泛癌分析) - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
1173 x 1616 · jpeg
How The Cancer Genome Atlas Will Shape the Future of Cancer Research ...
素材来自:rogelcancercenter.org

1496 x 608 · jpeg
虽然TCGA数据库有33种癌症 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

600 x 528 · png
关于TCGA（癌症基因组数据集）的下载 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
1080 x 608 · jpeg
人类癌症数据库TCGA使用说明-搜狐大视野-搜狐新闻
素材来自:sohu.com

600 x 1375 · jpeg
TCGA 癌症中英文对照 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
533 x 342 · png
TCGA癌和癌旁组织在线工具配对检验R语言癌症基因组图谱tcga_archangle的技术博客_51CTO博客
素材来自:blog.51cto.com

600 x 338 · jpeg
UCSC xena中下载TCGA中癌症样本的生存数据 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

796 x 860 · png
TCGA数据中如何区分样本是癌症还是癌旁_tcga中的rna-seq数据是癌症的还是癌症和癌旁的啊-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
893 x 1000 · jpeg
TCGA癌症临床数据资源全面介绍---癌症研究领域的全谱！-MedSci.cn
素材来自:medsci.cn

720 x 322 · jpeg
并不是只有TCGA计划里面的癌症研究才做多组学 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

1194 x 970 · jpeg
TCGA-泛癌28篇之融合基因 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
1080 x 594 · jpeg
TCGA数据下载和处理 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

1064 x 759 · png
TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法_AIPuFu的博客-CSDN博客
素材来自:blog.csdn.net
682 x 594 · png
2016-TCGA数据挖掘系列文章之癌症男女有别 | 生信菜鸟团
素材来自:bio-info-trainee.com

2100 x 1500 · png
IJMS | Free Full-Text | TCGA RNA-Seq and Tumor-Infiltrating Lymphocyte ...
素材来自:mdpi.com
400 x 242 · jpeg
pan-cancer泛癌单基因文章套路(TCGA泛癌分析) - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

600 x 376 · jpeg
基于TCGA+GEO数据库的癌症关键基因鉴定与验证（四）WGCNA分析与hub基因筛选 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
1071 x 315 · png
TCGA癌症中英文缩写对照表 - 哔哩哔哩
素材来自:bilibili.com

650 x 497 · jpeg
如何利用TCGA数据库进行深度癌症研究及发大牛文章？(4) - 分析行业新闻
素材来自:antpedia.com
600 x 184 · jpeg
基于TCGA+GEO数据库的癌症关键基因鉴定与验证（一）文献概述 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

1080 x 749 · png
分享一个好用的TCGA基因查询工具_癌症_风险_结果
素材来自:sohu.com
1280 x 848 · jpeg
Science重磅 | 23种癌症全基因组染色质可及性图谱成功绘制！ATAC-seq发明人又一力作 – SEQ.CN
素材来自:seqchina.cn

1147 x 437 · jpeg
TCGA-癌症驱动基因和突变的综合特征 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

465 x 181 · jpeg
还不知道TCGA数据如何下载处理？快跟上小果步伐去学习！！ - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com
600 x 445 · jpeg
收藏 | 癌症类型的中英文检索 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

720 x 260 · png
TCGA 癌症中英文对照 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

555 x 295 · png
TCGA 概述及 Barcode 详解 - 知乎
素材来自:zhuanlan.zhihu.com

1280 x 718 · jpeg
TCGA的28篇教程——所以癌症的突变全景图
素材来自:posts.careerengine.us

素材来自:See more

当前用户设备UA：Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)