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生信分析神器!必备数据库汇总劥大家好!今天我想和大家分享一些超实用的生物信息学数据库,绝对是你做生信分析的好帮手! 基因组数据库 首先,我们来看看基因组数据库。这些数据库提供了大量的基因组信息,比如Ensembl、UCSC、MGD、RGD和EcOCy。这些数据库不仅包含了DNA序列,还有各种基因组注释信息,真的是科研的好帮手。 基因功能研究 接下来是基因功能研究相关的数据库。KEGG、GO、Wiki、Reactome和GeneCa这些数据库可以帮助你了解基因的各种功能。特别是KEGG,简直是代谢通路分析的利器! 真核生物启动子数据库 如果你对真核生物的启动子感兴趣,那一定要看看EPD。这个数据库收录了大量的真核生物启动子信息,非常适合启动子相关的研究。 分子探针数据库 MPDB是一个非常实用的分子探针数据库,收录了各种分子探针的信息。对于那些需要用到分子探针的实验,这个数据库简直是神器! 复合元件数据库 COMPEL则是一个复合元件数据库,收录了各种复合元件的信息。对于研究基因的复合元件,这个数据库非常有帮助。 基因表达数据库 GEO和GXD是两个非常常用的基因表达数据库。特别是GEO,收录了大量的基因表达数据,非常适合基因表达相关的研究。 DNA变异数据库 如果你对DNA变异感兴趣,那一定要看看dbVar、dbSNP和VarScan。这些数据库收录了大量的DNA变异信息,非常适合变异相关的研究。 基因相互作用数据库 BioGRID是一个非常实用的基因相互作用数据库。收录了各种基因相互作用的信息,非常适合基因相互作用相关的研究。 基因疾病预测数据库 HGMD是一个非常实用的基因疾病预测数据库。收录了各种基因与疾病的关系信息,非常适合基因疾病预测相关的研究。 RNA序列相关 RNA序列相关的数据库也非常重要。starBase、NONCODE和deepbase是非编码RNA数据库,而IncRNAdb、NRED和IncRNADisease则是IncRNA数据库。miRBase、miRTarBase和miRCancer则是miRNA数据库。这些数据库提供了大量的RNA序列信息,非常适合RNA相关的研究。 核酸序列预测分析 CENSOR、RepeatMasker和BLAST这些数据库可以帮助你进行核酸序列的预测分析,非常适合序列相关的研究。 RNA与疾病关系数据库 RNADisease是一个非常实用的RNA与疾病关系数据库。收录了各种RNA与疾病的关系信息,非常适合RNA与疾病关系相关的研究。 非编码RNA与免疫关系数据库 RNA2lmmune是一个非常实用的非编码RNA与免疫关系数据库。收录了各种非编码RNA与免疫的关系信息,非常适合免疫相关的研究。 RNA修饰关联的读出/擦除/写入蛋白靶标数据库 RM2Tar是一个非常实用的RNA修饰关联的读出/擦除/写入蛋白靶标数据库。收录了各种RNA修饰相关的信息,非常适合修饰相关的研究。 细菌必需非编码RNA数据库 DBEnRNA是一个非常实用的细菌必需非编码RNA数据库。收录了各种细菌必需非编码RNA的信息,非常适合细菌相关的研究。 蛋白质相关 转录因子调节关系:TRRUST、Cistrome和TRRD这些数据库可以帮助你了解转录因子的调节关系。 转录因子结合模式预测:JASPAR是一个非常实用的转录因子结合模式预测数据库。 蛋白质结构域数据库:DOMO收录了各种蛋白质结构域的信息。 蛋白相互作用数据库:STRING和HPRD这两个数据库收录了各种蛋白质相互作用的信息。 蛋白质功能分析:InterPro是一个非常实用的蛋白质功能分析数据库。 跨膜蛋白数据库:TMBase收录了各种跨膜蛋白的信息。 蛋白质突变体数据库:PMD是一个非常实用的蛋白质突变体数据库。 蛋白质糖基化位点数据库:GLYCBASE收录了各种蛋白质糖基化位点的信息。 其他 疾病相关数据库:OMIM、Malacards、TCGA和GSCA这些数据库收录了各种疾病相关的信息。 分子生物标志物数据库:MarkerDB是一个非常实用的分子生物标志物数据库。 细胞标志物数据库:singleCellBase和CellMarker这两个数据库收录了各种细胞标志物的信息。 细胞发育轨迹数据库:CellTracer是一个非常实用的细胞发育轨迹数据库。 人类细胞互作数据库:CITEdb收录了各种人类细胞互作的信息。 免疫信号通路关联的调控子数据库:lmmReg是一个非常实用的免疫信号通路关联的调控子数据库。 人类衰老单细胞注释知识库:AgeAnno收录了各种人类衰老相关的单细胞注释信息。 肿瘤免疫治疗相关:TIGER是一个非常实用的肿瘤免疫治疗相关数据库。 耐药性信息数据库:DRESIS收录了各种耐药性相关的信息。 希望这些数据库能对你的生信分析有所帮助!如果你有其他好用的数据库推荐,欢迎在评论区分享哦!退
生物信息学数据库大全,科研必备! 生物信息学数据库是存储、管理和分析生物学数据的宝贵资源。它们涵盖了从基因组、转录组、蛋白质组到代谢组等多个层次的数据。以下是一些常见的生信数据库及其用途: 基因组数据库 GenBank:由NCBI维护,包含大量的DNA序列数据。 Ensembl:由欧洲生物信息学研究所(EBI)和Sanger研究所联合维护,提供多种生物的基因组注释数据。 UCSC Genome Browser:提供多种模式生物的基因组数据和注释,支持多种浏览和分析工具。 蛋白质数据库 𓊕niProt:一个综合性的蛋白质序列和功能信息数据库。 PDB(Protein Data Bank):存储蛋白质和其他生物大分子的三维结构数据。 转录组数据库 EO(Gene Expression Omnibus):由NCBI维护,存储高通量基因表达数据。 ArrayExpress:由EBI维护,包含大量的基因表达数据集。 代谢组数据库 EGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes):一个综合的资源,包含代谢通路、基因组、化学物质和疾病信息。 HMDB(Human Metabolome Database):专注于人类代谢物及其相关信息。 其他重要数据库 dbSNP:存储单核苷酸多态性(SNP)数据。 TCGA(The Cancer Genome Atlas):提供大量的癌症基因组和临床数据。 ClinVar:收录了与人类疾病相关的变异及其临床意义。 生信数据库的应用 슥 注释和功能预测:通过比较和分析基因序列,可以预测基因的功能,并进行注释。 结构生物学:利用蛋白质三维结构数据,研究蛋白质的功能和相互作用。 基因表达分析:通过分析转录组数据,了解基因在不同条件下的表达模式。 代谢通路分析:利用代谢组数据,研究生物体内的代谢途径和代谢物之间的关系。 这些数据库为生物学研究提供了丰富的资源,帮助科学家们更好地理解和探索生命的奥秘。
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